blog.fcuzhhorod.com

Sejak awal pandemi COVID, Jaringan Pengawasan Genomik di Afrika Selatan memantau perubahan SARS-CoV-2. Ini adalah alat yang berharga untuk lebih memahami bagaimana virus menyebar. Pada akhir tahun 2020, jaringan mendeteksi garis virus baru, 501Y.V2yang kemudian dikenal dengan nama Varian beta. Kini varian baru SARS-CoV-2 telah teridentifikasi, dikenal sebagai B.1.1.529. Untuk membantu kita memahami lebih lanjut, Ozayr Patel dari The Conversation Africa meminta para ilmuwan untuk berbagi apa yang mereka ketahui.

Apa ilmu dibalik pencarian tersebut?

Berburu varian memerlukan upaya bersama. Afrika Selatan dan Inggris adalah negara besar pertama yang menerapkan kebijakan ini secara nasional pengawasan genom upaya untuk SARS-CoV-2 pada awal April 2020.

Perburuan varian, meski terdengar menarik, dilakukan dengan pengurutan seluruh genom dari sampel yang dites positif terkena virus. Proses ini melibatkan pemeriksaan setiap urutan yang diperoleh untuk mengetahui perbedaannya dibandingkan dengan apa yang kita ketahui beredar di Afrika Selatan dan dunia. Saat kami melihat beberapa perbedaan, hal ini langsung menimbulkan tanda bahaya dan kami menyelidiki lebih lanjut untuk mengonfirmasi apa yang kami temukan.

Untungnya, Afrika Selatan sudah siap menghadapi hal ini. Hal ini disebabkan adanya pusat penyimpanan hasil laboratorium sektor publik di Pelayanan Laboratorium Kesehatan Nasional(NGS-SA), hubungan baik dengan laboratorium swasta, the Pusat Data Kesehatan Provinsi Provinsi Western Capedan mutakhir keahlian pemodelan.

Selain itu, Afrika Selatan memiliki beberapa laboratorium yang dapat mengembangkan dan mempelajari virus sebenarnya serta mengetahui sejauh mana antibodi, yang terbentuk sebagai respons terhadap vaksinasi atau infeksi sebelumnya, mampu menetralisir virus baru. Data ini akan memungkinkan kita untuk mengkarakterisasi virus baru tersebut.

Varian Beta menyebar jauh lebih efisien antarmanusia dibandingkan dengan SARS-CoV-2 “tipe liar” atau “nenek moyang” dan menyebabkan gelombang pandemi kedua di Afrika Selatan. Oleh karena itu, varian ini diklasifikasikan sebagai varian yang memprihatinkan. Selama tahun 2021, varian lain yang menimbulkan kekhawatiran yang disebut Delta menyebar ke sebagian besar dunia, termasuk Afrika Selatan, yang menjadi penyebabnya gelombang pandemi ketiga.

Baru-baru ini, pengurutan rutin oleh laboratorium anggota Jaringan Pengawasan Genomik mendeteksi garis keturunan virus baru, disebut B.1.1.529, di Afrika Selatan. Tujuh puluh tujuh sampel yang dikumpulkan pada pertengahan November 2021 di provinsi Gauteng mengandung virus ini. Penyakit ini juga dilaporkan dalam jumlah kecil di negara tetangga Botswana dan Hong Kong. Kasus Hong Kong dikatakan demikian seorang musafir dari Afrika Selatan.

Mengapa Afrika Selatan memunculkan varian kekhawatiran?

Kami tidak tahu pasti. Tampaknya hal ini lebih dari sekadar hasil upaya bersama untuk memantau virus yang beredar. Salah satu teorinya adalah orang dengan sistem kekebalan tubuh yang sangat lemah, dan mengalami infeksi aktif yang berkepanjangan karena tidak mampu membasmi virus, mungkin menjadi sumber varian virus baru.

Asumsinya adalah bahwa beberapa “tekanan kekebalan” (artinya respon imun yang tidak cukup kuat untuk menghilangkan virus, namun masih memberikan tekanan selektif yang “memaksa” virus untuk berevolusi) menciptakan kondisi untuk munculnya varian baru.

Meskipun terdapat program pengobatan antiretroviral yang canggih untuk orang yang hidup dengan HIV, banyak orang di Afrika Selatan yang mengidap penyakit HIV stadium lanjut dan tidak mendapatkan pengobatan yang efektif. Beberapa kasus klinis telah diselidiki yang mendukung hal ini hipotesis ininamun masih banyak yang harus dipelajari.

Mengapa varian ini menjadi perhatian?

Jawaban singkatnya adalah, kita tidak tahu. Jawaban panjangnya adalah, B.1.1.529 membawa mutasi tertentu yang berhubungan. Mereka belum pernah diamati dalam kombinasi ini sebelumnya, dan protein puncaknya saja memiliki lebih dari 30 mutasi. Hal ini penting karena protein lonjakan merupakan bahan penyusun sebagian besar vaksin.

Dapat juga dikatakan bahwa B.1.1.529 memiliki profil genetik yang sangat berbeda dengan varian lain yang menjadi perhatian dan perhatian. Tampaknya virus ini bukan “anak perempuan Delta” atau “cucu Beta”, melainkan mewakili generasi baru SARS-CoV-2.

Beberapa perubahan genetiknya diketahui dari varian lain dan kita tahu bahwa perubahan tersebut dapat memengaruhi penularan atau memungkinkan penghindaran kekebalan, tetapi banyak di antaranya yang baru dan belum diteliti. Meskipun kami dapat membuat beberapa prediksi, kami masih mempelajari seberapa jauh pengaruh mutasi terhadap perilakunya.

Kami ingin mengetahui tentang penularan, tingkat keparahan penyakit, dan kemampuan virus untuk “melarikan diri” dari respons imun pada orang yang divaksinasi atau pulih. Kami mempelajari ini dalam dua cara.

Pertama, studi epidemiologi yang cermat berupaya untuk mengetahui apakah generasi baru menunjukkan perubahan dalam penularan, kemampuan untuk menulari individu yang telah divaksinasi atau yang sebelumnya terinfeksi, dan sebagainya.

Pada saat yang sama, penelitian laboratorium sedang menyelidiki sifat-sifat virus. Karakteristik pertumbuhan virusnya dibandingkan dengan varian virus lainnya dan ditentukan seberapa baik virus tersebut dapat dinetralkan oleh antibodi yang ditemukan dalam darah individu yang divaksinasi atau pulih.

Pada akhirnya, signifikansi penuh dari perubahan genetik yang diamati pada B.1.1.529 akan menjadi jelas ketika hasil dari semua jenis penelitian ini dipertimbangkan. Ini adalah upaya yang kompleks, menuntut, dan mahal yang akan berlangsung selama berbulan-bulan, namun sangat diperlukan untuk memahami virus ini dengan lebih baik dan merancang strategi terbaik untuk memeranginya.

Apakah indikasi awal menunjukkan bahwa varian ini menimbulkan gejala yang berbeda atau penyakit yang lebih serius?

Belum ada bukti adanya perbedaan klinis. Yang diketahui adalah kasus infeksi B.1.1.529 telah meningkat pesat di Gauteng, tempat terjadinya gelombang pandemi keempat di negara tersebut. tampaknya dimulai. Hal ini menunjukkan kemudahan penularan, meskipun dengan latar belakang intervensi non-farmasi yang sangat longgar dan jumlah kasus yang rendah. Jadi kita belum bisa memastikan apakah B.1.1.529 menular dengan lebih efisien dibandingkan varian yang menjadi perhatian sebelumnya, Delta.

Putar video

COVID-19 lebih cenderung bermanifestasi sebagai penyakit parah yang seringkali mengancam jiwa pada orang lanjut usia dan orang yang menderita penyakit kronis. Namun kelompok populasi yang pertama kali terpapar virus baru adalah orang-orang yang lebih muda, sering berpindah-pindah, dan biasanya sehat. Jika B.1.1.529 menyebar lebih jauh, diperlukan waktu sebelum dampaknya, dalam hal tingkat keparahan penyakit, dapat dinilai.

Untungnya, semua tes diagnostik yang ditinjau sejauh ini tampaknya mampu mengidentifikasi virus baru tersebut.

Bahkan lebih baik lagi, beberapa tes komersial yang banyak digunakan tampaknya menunjukkan pola tertentu: dua dari tiga rangkaian genom target positif, namun yang ketiga tidak. Seolah-olah varian baru ini secara konsisten memenuhi dua dari tiga kriteria dalam pengujian yang ada. Hal ini dapat berfungsi sebagai penanda B.1.1.529, yang berarti kita dapat dengan cepat memperkirakan proporsi kasus positif akibat infeksi B.1.1.529 per hari dan per wilayah. Sangat berguna untuk memantau penyebaran virus hampir secara real time.

Apakah vaksin yang ada saat ini mungkin dapat melindungi terhadap varian baru?

Sekali lagi, kami tidak tahu. Kasus-kasus yang diketahui mencakup individu yang telah divaksinasi. Namun, kita telah belajar bahwa perlindungan kekebalan yang diberikan oleh vaksinasi berkurang seiring berjalannya waktu dan tidak hanya melindungi terhadap infeksi, melainkan terhadap penyakit serius dan kematian. Salah satu analisis epidemiologi yang telah dimulai adalah melihat berapa banyak orang yang divaksinasi yang terinfeksi B.1.1.529.

Kemungkinan bahwa B.1.1.529 dapat menghindari respon imun sangatlah mengganggu. Harapan yang diharapkan adalah tingginya tingkat seroprevalensi, sehingga orang-orang yang sudah terinfeksi dapat ditemukan berbagai penelitian akan memberikan beberapa “kekebalan alami” untuk setidaknya jangka waktu tertentu.

Pada akhirnya, segala sesuatu yang diketahui sejauh ini tentang B.1.1.529 menekankan bahwa vaksinasi universal masih merupakan pilihan terbaik kita dalam melawan COVID-19 yang parah dan bersamaan dengan itu. intervensi non-farmasiakan sangat membantu dalam membantu sistem layanan kesehatan mengatasi gelombang yang akan datang. – Percakapan/Rappler.com

Wolfgang Preiser adalah kepala Divisi Virologi Medis di Universitas Stellenbosch. Ia menerima dana dari Dewan Penelitian Medis Afrika Selatan, National Health Laboratory Service Research Trust, dan Poliomyelitis Research Foundation.

Cathrine Scheepers adalah ilmuwan medis senior di Universitas Witwatersrand.

Jinal Bhiman adalah kepala ilmuwan medis di Institut Nasional Penyakit Menular. Dia berafiliasi dengan Universitas Witwatersrand dan menjabat sebagai pengamat Kelompok Penasihat Teknis Organisasi Kesehatan Dunia untuk Evolusi Virus. Dia juga menerima dana dari berbagai organisasi.

Marietjie Venter adalah kepala dan profesor Program Virus Zoonosis, Arbo, dan Pernafasan di Departemen Virologi Medis di Universitas Pretoria. Dia menerima dana dari National Research Foundation of South Africa, program Uni Eropa, BMBF dan National Health Laboratory Services Research Foundation untuk penelitian yang tidak terkait.

Tulio de Oliveira adalah direktur platform pengurutan penelitian dan inovasi KRISP – KwaZulu-Natal di Universitas KwaZulu-Natal.

Artikel ini diterbitkan ulang dari Percakapan di bawah lisensi Creative Commons. Membaca artikel asli.